教育部排名前20名院校有：西南交通大学、东南大学、北京交通大学、北京航空航天大学、同济大学、大连海事大学、中南大学、长安大学、哈尔滨工业大学、南京航空航天大学、吉林大学、西北工业大学、重庆交通大学、长沙理工大学、武汉理工大学、北京理工大学、中国民航大学、江苏大学、上海理工大学。
其中，西南交通大学、东南大学、北京交通大学、同济大学、中南大学、长安大学的交通运输是国家一级重点学科。这类院校包括了铁道、公路、航空航天、航海运输。西南交通大学、北京交通大学、哈尔滨工业大学、中南大学、石家庄铁道大学和二本的大连交通大学、兰州交通大学以铁道运输为主；北京理工大学、吉林大学、长安大学、重庆交通大学、长沙理工大学、武汉理工大学和二本的山东交通学院、湖北理工学院等以公路运输为主；东南大学和同济大学因为历史和合并的原因，铁路公路兼而有之；大连海事大学以海洋运输为主；北京航空航天大学、西北工业大学、南京航空航天大学、中国民航大学当然以航空航天运输为主。