基础医学院是北京中医药大学历史最长、规模最大，集教学、科研为一体的医学单位，其前身为北京中医学院中医系，创建于1956年。1980年经卫生部批准成立了中医基础理论研究所，实行系所合一的管理体制，1985年更名为中医基础医学部。1996年1月经教育部批准正式改名为北京中医药大学基础医学院。2000年6月，原北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并，划归教育部管理，同时成立了新的北京中医药大学基础医学院。

自创办之日起，许多为新中国中医药事业做出开创性贡献的国医泰斗在基础医学院执掌教席，使这里成为全国乃至全世界中医药学术的权威学府。半个世纪以来，基础医学院培养了一大批功底深厚、才华出众的国医精英，在中医学和中西医结合学科的基础理论研究、临床研究及应用技术开发等各个领域取得了丰硕的成果。

学院现有教职工249人，其中教授60人，副教授62人，博士生导师42人，硕士生导师58人。学院下设9个系、7个研究中心、2个实验中心，拥有5个国家级重点学科、2个北京市重点学科和4个局级重点学科，博士、硕士学位授予点各7个，2个博士后流动站，3个局级重点实验室，3个校级重点实验室，其综合实力在全国同类学院中名列前茅。

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