本校前身「国立高雄科学技术学院金门分部」，于民国86年奉教育部核准设立，设有日间部食品工程、营建管理、工商管理，以及观光事业等4个科。89年，奉准改名为「国立高雄应用科技大学金门分部」，同年增加日间部信息管理科、二技进修部企业管理系及观光管理系。民国90年增设财务金融科， 91年增设四技应用外语、运动管理等二系及新增二技进修部信息管理系。民国92年8月1日，本校奉准独立设校为「国立金门技术学院」，同年合并工商管理科与财务金融科改制为四技企业管理系，并新增设四技电子工程系。97学年度日间部四技食品科学系与建筑系更分别增设马祖分班；进修推广部四技亦增设电子与信息系。

　　经过十年的努力，教学单位逐年成长，目前计有10系5所所及应用科技学位学程中心分属于人文与社会、休闲与管理及理工等三个学群。人文与社会学群包含：应用外语系、建筑系、国际事务系、闽南文化研究所及中国大陆研究所等5个系所；休闲与管理学群包含：观光管理系、企业管理系、运动与休闲系及岛屿休闲资源发展研究所等4个系所；理工学群则包含：食品科学系、营建工程系、资讯工程、电子工程系、电资研究所及防灾与永续研究所等6个系所。