我系设有3个本科专业：自动化、测控技术与仪器、物流管理（系统工程方向），并开设自动化理工交叉创新实验班（该班归启明学院管理，由控制科学与工程系承担管理职能）。其中自动化专业连续多年被中国管理科学院评为A++本科专业，全国排名第二。自动化专业2007年评为湖北省品牌专业，2008年评为教育部第三批高等学校特色专业。物流管理专业2009年评为教育部第四批高等学校特色专业。积极开展国际学术交流，与美国亚利桑那州立大学等学校建立合作办学关系，本科生设立“3+2”校级交流项目。

　　自动化专业：培养具有良好的思想品德和文化修养、基础理论扎实、专业知识面广、实践能力强、富有现代科学创新意识，能够从事工业企业、国防、高校和科研部门的运动控制、过程控制、现代集成制造系统、模式识别与智能控制、人工智能与机器人、系统工程、信号处理与控制、网络与计算机应用等领域的科学研究、技术开发、工程应用与组织管理的高素质、创新型、复合型高级人才。

　　测控技术与仪器专业：以当代先进的计算机集成控制技术、光电子技术、仪器智能技术、生物生化检测技术等多学科融合为基础的宽口径工科专业。主要从事信息最佳获取方法和自动化测控系统等高新科技领域的研究与设计，侧重培养各行业从事智能仪器、信息处理、计算机网络、测量与控制系统和技术管理与监督等方面研究开发、设计制造的高级专门人才。

　　以上两个专业主要课程有：自动控制原理、微机控制技术、计算机网络、微机原理、过程控制系统、运动控制系统、信号与系统、模拟电子技术基础、数字电路与逻辑、电路理论、电子器件与IC设计、软件工程、管理信息系统、C语言程序设计、单片机原理与应用、数字信号处理、传感器技术、功率电子技术。

　　物流管理专业(物流系统工程方向)：本专业是多学科交叉的工科学科，物流自动化与物流信息化等方面训练是本专业特色。培养既懂管理又有系统思想的物流工程复合型人才，能在物流服务领域从事组织管理、工程应用、科技开发的工作。强调与系统结合，注重物流的整体性；强调与工程应用相结合，注重物流控制、自动化与设备的作用；强调与信息技术结合，注重物流系统的信息化。专业课程设置包括物流管理和自动化工程技术两大部分。

　　自动化理工交叉创新实验班：自动化理工交叉创新实验班遵循通识教育模式，以“宽厚基础，理工交叉”和“宽口径，跨行业”理念设置课程体系，强调数理基础与专业能力的结合，培养具有较强的工程实践和创新能力、能从事跨专业乃至跨学科综合研究和高层次技术开发的优秀人才。前三年集中按“宽厚基础，理工交叉”的培养计划学习，第四年学生按自己专业兴趣在不同院系进行专业学习，并实行导师制，由教授直接指导学生学业和科研训练，大部分学生在第四年实施本硕统筹培养和国际合作培养。自动化理工交叉实验班归启明学院管理，由控制科学与工程系承担管理职能。

　　本系毕业的博士、硕士和本科生，知识面广、基础扎实、思想活跃，备受用人单位的欢迎。多年来，毕业生就业一直是供不应求。由于控制学科在发展中具有与多学科交叉的特点，控制科学与工程系的学生适应性强，适合到高科技公司、科研院所、设计单位、大专院校、金融系统、通信系统、税务、外贸、工商、铁路、民航、海关、工矿企业及各级政府和科技部门工作，可从事诸如物流自动化管理、系统的决策与规划、数字控制、过程控制、电机及拖动系统控制、通信系统和计算机系统软硬件的开发、设计、应用、维护等工作。近几年，本系毕业的本科生报考研究生的升学率达到50%左右，出国继续深造的学生数占学生总数的10%以上。