南科大致力培养具备广博知识、掌握丰富技能、了解学科发展前沿和趋势的拔尖创新型科技人才，课程设计能够给学生提供科学思维训练和科学实验的平台，还有助于学生熟练掌握英语和必要的计算机应用基础知识，形成跨学科交叉合作的能力。
以核心科学课程为基础：大一、大二不分专业，主要以基础科学课程为主，等大三时再根据学生的兴趣和能力选择专业。
实验课程和动手能力的培养：每个学生都会依托一个研究所，在研究所完成他们的专业和研究，专业方向主要在理学、工学和经济学的相关细化专业，分别是物理学专业、化学专业、生物信息学专业、生物技术专业、微电子科学与工程专业、金融数学与金融工程专业。
辅以全面教育：实行目前世界上先进的全面教育体系，把学生培养成真正有国际视野、独立思考能力、社会责任感和文化修养的创新型人才。
