实行合作自主招生的高校一般会采取联合命题或者委托专业机构命题的方式。往年，“北京高校系”和“北大系”采取联合命题的形式。“清华系”和“卓越联盟”则采取委托专业机构命题的形式。

“北京高校系”的5所高校采取统一命题、统一阅卷、同一时间进行笔试。“北大系”11所高校采取联合命题、统一组织笔试并共享考试成绩。高校联合命题，统一组织笔试的方式为广大考生提供了方便，减少了奔波之苦，增加了考生的选择机会。但这种方式对高校来说，也会出现由于选才标准不同，众口难调的情况。

“清华系”7所高校则委托教育部考试中心命题。“卓越联盟”9所高校的笔试命题也由第三方命题机构完成，在命题之前，联盟内的9校专家向命题机构提出了具体要求。委托专业机构命题，除了有联合命题的优缺点外，还增强了联考的客观公正性和社会公信力。

除了联考之外，各高校还可能组织特色测试和面试。特色测试和面试都由各高校自行安排，自主命题，更突出高校自身特色。