南科大在理学、工学和经济学等三大门类首批筹设了8个系15个专业，并已经形成相应的教学计划。8个系分别是物理系、化学系、生物系、电子与电气工程系、材料科学与工程系、金融数学与金融工程系、数学系、计算机科学系；15个专业分别是物理学、化学、生物信息学、生物技术、微纳材料与器件、金融数学与金融工程专业等。
南科大已初步建成了一支国际化高水平的教师队伍，教学科研人员中90%以上拥有博士学位，90%以上从海外引进， 超过60%的教师具有在世界排名前100名大学工作或学习的经历，对世界学术界的发展和前沿研究有充分的了解和参与。这些优势在国内著名大学中处于领先地位。