药学院现有药学一级学科博士点、博士后流动站。建有湖北省天然药物化学与资源评价重点实验室、湖北省现代给药系统工程技术中心、武汉市天然药物工程中心。以药学院为主体还建有“华中科技大学生物医药研究院”、“湖北省生物技术研究院生物医药中心”以及国家“十一五”重大新药创制计划“武汉市综合性创新药物研究开发技术大平台”。
药学院现设有药学、中药学和生物药学3个系，实验教学、分析测试2个中心及药物研究所。招生专业为药学专业和中药学专业，其中中药学专业于2008年被评为湖北省品牌专业；药学专业于2009年被评为国家特色专业；药学专业生物药学方向为国家生命科学与技术人才培养基地，并于2008年成为国家人才培养创新试验区；药学实验中心2010年被评为湖北省实验教学示范中心。校外建有15个教学实习基地，国家执业药师湖北省培训中心设在本院。
药学专业
培养目标：培养从事药物及其制剂的研究、生产、质量分析与控制、市场营销、监督管理和指导临床合理用药的高层次药学人才。
培养要求：本专业学生应掌握医学基础、药学基础、药物化学、药物分析、药理学、药剂学、生药学、生物药剂学与药物动力学的基本理论知识和实践技能。
毕业生应获得以下知识和能力：药物化学（含天然药物化学）的基本知识，药物结构、性质与生物活性的关系；药物剂型的基本理论，药物制剂的设计、制备原理与制备技术；药理学基本理论和实验技术；药物及其制剂的鉴别、质量分析的原理、方法和技能；体内药物分析与临床合理用药的基本知识与技能；药物评价、药事法规及药政管理的基本知识等；学会运用信息科学技术、数理统计的理论知识；掌握一门外语，熟练地阅读和翻译本专业的外文资料；了解药政管理和药事法规的基本知识；具有从事药物及其制剂的设计、研究和开发的初步能力。
主要课程：英语、计算机、解剖学、生理学、生物化学、病理生理学、有机化学、分析化学、物理化学、药物化学、生药学、药理学、药剂学、药物分析学、生物药剂学与药物动力学、药事管理学等。
毕业去向：可在大中型医院药剂科从事药品调剂、临床合理用药指导与研究工作；在制药企业及药品营销部门从事药品生产和营销工作；在药品检验所及药品监督管理部门从事药品检验、监督及管理工作；在大专院校、科研部门和制药企业从事教学与药物研究开发工作。
本专业在三年级设有医药商业贸易、临床药学两个后期转化专业。
(一) 医药商业贸易专业方向
培养目标：培养具有化学、药学基础知识，能比较系统地掌握管理学、商业经济贸易学的基本理论和知识以及医药市场营销策划等技能，能在各类医药工业企业、药品营销、药品管理等部门工作的专门人才。
培养要求：本专业的学生应掌握药学基础、药剂学、药理学的基本理论、基础知识和基本操作技能，熟悉其他药学基本知识；掌握经济学、管理学、市场调查与预测的基本方法；在药品市场营销方面受到良好的培训；基本掌握并运用现代信息科学技术（计算机及网络技术等），熟练掌握一门外语，顺利查阅本专业外文文献和资料；具有一定的社会科学研究能力和判断能力，了解本专业领域学科发展前沿和相关学科的新知识。
主要课程：英语、计算机、有机化学、物理化学、分析化学、计算机应用、生物化学、药物化学、药剂学、药理学、管理学、商业经济学、商业会计学、市场营销学、公共关系学及药事管理学。
毕业去向：可在医院药剂科从事药物经济学研究和管理工作；在药品营销部门和制药企业从事市场策划和营销及药品生产工作；在药品检验所及药品监督管理部门从事药品检验及管理工作；在大专院校从事教学与科研工作。
(二) 临床药学专业方向
培养目标：培养具备从事体内药物的测试分析、药物的合理利用与药品的管理、临床药学研究、临床用药监测、指导临床合理用药的初步能力，能在医院药剂科、临床药理科、临床药学研究与管理单位工作的专门人才。
培养要求：掌握医学基础、药学基础、药剂学、临床药理学、临床药代动力学和临床药物治疗学的基本理论、基本知识及基本技能。在药物制剂的制备、药物临床疗效的评价、生物体内药物的检测、临床药物的合理使用等方面受到良好训练。本专业方向学制五年。
毕业生应获得以下知识和能力：掌握药学和临床药学的基本理论和实验技能；掌握体内药物分析与临床合理用药的基本知识与技能；掌握药物评价、药事法规及药政管理的基本知识等；掌握药物经济学和医院药房管理的科学理论；学会运用信息科学技术、数理统计理论知识；掌握一门外语，熟练地阅读和翻译本专业的外文资料。
主要课程：英语、计算机、解剖学、生理学、生物化学、病理生理学、有机化学、分析化学、药理学、药剂学、生物药剂学与药物动力学、临床药理学、临床药代动力学、内科学、儿科学、临床药物治疗学等。
毕业去向：可在大中型医院临床药物研究室从事体内药物检测和指导医生合理用药咨询工作及临床药理研究工作；在医院药剂科从事药物经济学研究和药房管理工作；在药品检验所及药品监督管理部门从事药品检验及管理工作；在大专院校从事教学与科研工作。
中药学专业
培养目标：培养从事现代中药研究、中药品质鉴定、中成药生产、中药质量分析与控制、中药新药研究、企业管理及临床合理用药的高层次中药学人才。
培养要求：本专业培养学生掌握中医学基础、药学基础、中药学、中药化学、方剂学、中药药剂学、药理学（包括中药药理学）、中药鉴定与分析等基本知识与操作技能。
毕业生应获得以下知识和能力：中医学基础、中药方剂学及中药炮制学等传统理论知识；现代科学技术在现代中药研究中应用的基本知识和实验技能；学会运用信息科学技术、数理统计理论知识；掌握一门外语，熟练地阅读和翻译本专业的外文资料；了解药政管理和药事法规的基本知识；具有从事中药及其制剂的设计、研究和开发的能力。
主要课程：英语、计算机、生理学、病理生理学、有机化学、分析化学、物理化学、药用植物学、中医学基础、中药学、方剂学、中药化学、药理学（包括中药药理学）、中药及制剂分析、中药炮制学、中药鉴定学、中药药剂学、药事管理学等。
毕业去向：可在医院药剂科从事中药调剂与研究工作；在制药企业及药品营销部门从事中药生产和营销工作；在科研部门及大型企业从事研究工作；在药品检验所及药品监督管理部门从事药品检验及管理工作；在大专院校从事教学与科研工作。
培养目标：培养具有深厚的化学、生物学、生物化学、生物技术、药学和工程学的基础知识，具备创新、创造、创业和经营管理能力的高级生物医药技术人才。
培养要求：本专业学生应掌握细胞生物学、生物化学、分子生物学、药学基础、药物化学、药物分析、药理学、药剂学、生物药剂学、药物动力学、药事管理、生物工程和制药工程、市场营销管理的基本理论知识和实践技能。本专业实行学士-硕士连读，分段培养，60%的学生本科（四年）毕业后可直接进入硕士培养阶段（两年）学习。
毕业生应获得以下知识和能力：掌握生物学、药学和生物技术的基础理论和实践技能，熟悉生物医药前沿的最新发展趋势，对生物药学领域相关学科有广博的了解；具备较强的高新科技综合运用能力；掌握一门外语，熟练地撰写外文论文和进行口语交流；掌握信息科学技术和数理统计知识并可灵活运用；同时通过教学平台、创新研发平台的教育模式，使学生具备创新精神，具备生物技术药物研发的能力，具备高新技术产业化的创业能力。
主要课程：英语、计算机、生物化学、细胞生物学、分子生物学、有机化学、分析化学、物理化学、药物化学、药理学、药剂学、药物分析学、生物药剂学与药物动力学、生物技术制药、生物合成药物学及药事管理学、药品经营管理和市场营销学等。
毕业去向：可在大专院校及科研部门从事生物技术药物的创新性研究工作；在大型生物制药公司从事生物制剂高新技术研发、生产实施、市场策划等高层次管理工作；可从事具有国际竞争力的、改造我国传统制药产业的生物医药科技产业化实体的创新和创业工作。