- 国家重点实验室：
精密光谱科学与技术国家重点实验室
浙江天童森林生态系统国家野外科学观测研究站
- 教育部重点实验室：
地理信息科学教育部重点实验室
极化材料与器件教育部重点实验室（筹）
- 上海市重点实验室：
上海市绿色化学与化工过程绿色化重点实验室
上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室
上海市功能磁共振成像重点实验室
上海市高可信计算重点实验室（筹）
- 野外台站与工程中心：
上海分子治疗与新药创制工程技术研究中心（筹）
软硬件协同设计技术与应用教育部工程研究中心（筹）
- 教育部人文社会科学重点研究基地：
中国现代思想文化研究所
俄罗斯研究中心
中国文字研究与应用中心
基础教育改革与发展研究所
中国现代城市研究中心