在数学界素有“天山派”的称号，国家重点学科，也是2008年确立的第三批高等学校特色专业建设点，学科拥有博士学位授予权。中国科学评价研究中心发布的《2006年中国研究生教育评价报告》显示：应用数学专业方面，新疆大学居于第七位。
人文学：
新疆大学人文学院是由中文系、中语系、历史系、中亚文化研究所、阿尔泰学研究所组建而成的规模最大、专业门类齐全的文科学院，号称中国少数民族语言文学专业的“旗舰之威”，位居国家重点学科行列，是国家“211工程”重点学科及国家级重点学科建设单位，现有汉语言文学、维吾尔语言文学、哈萨克语言文学、汉语专业、维吾尔语专业、哈萨克语专业、历史学、社会学7个专业。
此外，新疆大学的化学工程与工艺专业是教育部第一批确立的高等学校特色专业建设点。资源勘察工程是第二批高等学校特色专业建设点。电气工程及其自动化是2008年确立的第三批高等学校特色专业建设点。凭借地域优势，新疆大学的俄语专业也一直是新大的王牌专业，录取分数相对较高。除了上述重点专业以外，新疆大学积极进行教育深化改革，人口资源环境经济学、自然地理学、计算机应用技术、动物学、控制理论与控制工程、机械制造及其自动化、民族学、法学均是新疆大学新增的重点学科。