海军航空工程学院创建于新中国诞生之初。1950年8月，在山东青岛成立“海军海岸炮兵学校”。学校曾经6次更名，4迁校址。1970年1月校址由烟台迁往江苏南京市，1974年9月学院由南京迁往辽宁锦西。1978年1月又改称“海军第二炮兵学院”。1979年4月被教育部列为军队首批全国重点高等院校之一。1985年学院开始招收硕士研究生。1986年6月学院正式定名为“海军航空工程学院”，校址由锦西迁回烟台市。

　　办学规模

　　海军航空工程学院注重跟踪现代化科学技术和部队武器装备的发展，初步形成了以工程技术为主，工程技术与军事指挥兼容，以初级培训为主，初级培训与中级培训相结合的办学模式。

　　截至2014年，学院设26个教学管理单位，有6个博士后科研流动站，4个博士学位授权一级学科，19个博士学位授权点，6个硕士学位授权一级学科，50个硕士学位授权点，6个工程硕士授权领域，23个本科专业，学科专业领域涉及理学、工学、军事学和管理学4个学科门类。现有1个国家重点建设学科，11个全军重点建设学科专业领域，7个山东省重点建设学科，4个“泰山学者”设岗学科，1个国家级实验教学示范中心，2个全军重点实验室，1个山东省重点实验室。

　　海军航空工程学院有比较齐全、先进的教学科研设备和良好的实验条件。学院有2栋现代化实验楼，24个专业实验室和121个分实验室，有5个研究所，还有计算机中心、实习工厂和各种专门训练场。图书馆藏书60多万册。学院有1个实验室被评为国家先进实验室，2个实验室被评为山东省先进实验室。

　　师资力量

　　学院师资力量雄厚，科研成果丰硕。截至2014年，学院有中国工程院院士2名，双聘院士2名，教授、副教授440余名，博士、硕士生导师232名，获“全国百篇优秀博士论文奖”5人。学院先后承担2530余项国家、军队和地方工业部门科研项目，获国家和军队科技进步奖350余项，一批科研成果填补了国内空白，多项达到国际先进水平。在国内外发表核心以上期刊论文6940余篇，其中核心以上期刊发表论文2510余篇，被国际三大检索收录1180余篇，ISTP论文数曾连续三年进入全国高校前60名。2003年进入全国高校学术研究百强行列。学院与中国航空学会、中国宇航学会、中国电子学会等108个全国性学术团体和情报网建立了联系，有国家一、二级学会会士、理事和委员70余名。

　　学院教学、科研、生活条件良好，配置各种仪器设备约9000台套;学院图书馆藏书40多万册(外文图书4万多册)，中外文期刊1600余种;设有教学指挥中心、计算机中心、电化教学中心、实习工作以及各种健身、娱乐设施，学院科学研究活跃，学术气氛浓厚。