(1)培养目标不同
学术型硕士研究生培养的目标是要培养学风严谨，重视理论联系实际；掌握本学科坚实的基础理论和系统的专业知识；具有从事医学科学研究工作或独立担负专门技术工作的能力专业人才。
专业型硕士研究生培养的目标是要求具有较强的临床分析和思维能力，能独立处理本学科领域内的常见病，能对下级医师进行业务指导，达到住院医师规范化培训第一阶段培训结束时要求的临床工作水平。
(2)培养的过程不同
学术型研究生主要由导师制定其3年的学习、临床和科研工作计划，主要在导师所在的学科进行科研和临床工作。
专业型研究生（临床医学和口腔医学）入学后参加浙江省住院医师规范化培训，接受培训管理。
(3)获得毕业证书标准不同
学术型研究生完成学位论文答辩后即可毕业。
专业型研究生（临床医学和口腔医学）需完成学位论文答辩，并通过学校临床能力毕业考核，同时需取得执业医师资格证书和住院医师规范化培训合格证书方可毕业。
(4)获得学位证书标准不同
专业型研究生（临床医学和口腔医学）达到毕业条件后，且取得执业医师资格证书和住院医师规范化培训合格证书方可申请硕士学位；
学术型研究生达到毕业条件后，还需在学术期刊上发表符合本校研究生申请学位发表论文规定要求的文章（学术期刊定级标准按照最新版学校学位与研究生教育期刊定级目录执行），方可申请硕士学位。
