2002年审批的国家重点学科我校有9个：
计算数学，等离子体物理，工程力学，机械制造及其自动化，水工结构工程，港口、海岸及近海工程，应用化学，船舶与海洋结构物设计制造，管理科学与工程 。
2007年审批的一级国家重点学科我校4个，二级国家重点学科6个。4个一级重点学科共覆盖15个二级重点学科，加上6个未被覆盖二级重点学科，至此我校函盖的二级国家重点学科数达到21个。
一级学科国家重点学科：
力学
水利工程
化学工程与技术
管理科学与工程
二级学科国家重点学科（包括一级覆盖的二级学科）：
计算数学
等离子体物理
一般力学与力学基础
固体力学
流体力学
工程力学
机械制造及其自动化
结构工程
水文学及水资源
水力学及河流力学
水工结构工程
水利水电工程
港口、海岸及近海工程
化学工程
化学工艺
生物化工
应用化学
工业催化
船舶与海洋结构物设计制造
环境工程
管理科学与工程
